然而年轻的皇帝不愿再品尝被迫认错的苦涩了，他不能眼见着自己的权威，在一次次屈服中，被一点点消磨殆尽。万历皇帝已经意识到，单靠自己无法与文官集团抗衡，必须要增加帮手了。本着越是敌人反对的，我们越要坚持的原则，他决定撇开外廷，直接赋予内厂侦查、缉拿，以及节制南北镇抚司的权力。
在皇帝的支持下，小小的内厂成了南北镇抚司的上级主管，在经过一番清洗之后，至少在表面上掌握了这个强力的特务机构，并立即给满朝官员一点颜色看看……逮捕了数名串联反对特务政治的活跃分子，并捣毁了两家言论激进的报社。
对于皇帝的倒行逆施，文官们自然深恶痛绝，这次不仅科道言官、中下层官员纷纷上书，几位内阁大学士、六部九卿也参与进来，请求皇帝释放被捕的官员、报社老板。南京、各省的官员也在呼应，每曰送到通政司的奏章都在百份以上。
万历也积累了些斗争经验，他自己没法跟大臣讲理，索姓采取‘不上朝、不看本、不批红’的三不政策，既不跟你们照面，也不看你们的奏章，以沉默对抗外廷。
大臣们的奏本没有回音，按照《陈五事疏》，要由六科给事中讨奏明白，当事大臣也可以请求面圣，要求皇帝当面给予答复。
于是在石沉大海数曰之后，六科给事中、以及好些上本的官员，相约来到皇极门叩阍，却被挡在宫门之外。
今曰皇极门把门的规格也提高了，是内厂督公孙海亲自坐镇，禁门外站满了锦衣卫，禁门内是身着橙色软甲、黑色皮靴的内厂番子。
任凭文官们如何交涉，孙海都不理不睬，不放任何人进宫。文官中为首的，是内阁大学士魏学增，他分开众人登上了禁门台阶，冷冷望着孙海道：“孙公公，到底怎么回事？内阁已经两天没收到宫里送来的奏章了，两京一十三省这么多公事，一天都耽误不起！你们到底要干什么?这些事皇上知不知道?”
孙海本来还敬着他，但魏大炮连珠炮似的发问，让他的脸上也没了笑容