事情的发展果然不出所料，沈默与内阁、六部的大佬真诚沟通以后，取得了他们的谅解。第二天，便一个不落的上疏，请求退回因为那次大捷所得的恩赏。
同一天，光懋的奏章登上邸报，打消了朝野间对内阁是否会‘捂盖子’的疑虑。稍晚些的时候，内阁召集部院大臣举行廷议，决定组成以刑部左侍郎，左副都御史为首的强大专案组，立即起程前往辽东调查此案。
报上去之后，皇帝又加上司礼监的石太监，代表宫里监督办案，做足了严查的姿态。
专案组一去就是三个月，期间从李成梁、张学颜这样的藩臬镇守到偏裨校佐，甚至行商土著口外流民，都拨草寻蛇、细致入微的作了详尽调查，光整理出来的材料，就足足三千多页。
简单说来——长定堡一役中，那支投降的队伍，是朵颜部董狐狸的侄子阿毛黑的部落，因为受不了董狐狸父子的欺压，又担心部落被吞并，故而杀了董狐狸的儿子，带着全部落老老少少前来长定堡乞降，以寻求明军的保护。但因为双方交战多年，彼此毫无信任可言。所以阿毛黑命妇孺在二十里外等候，自己带着男人们先去表明降意，待确认安全后再汇合。
明军这边，守堡的李如松虽然接到对方的降书。见那么多人赶骡子骑马的冲关而来，而且其中没有妇孺，认为是虏酋率众来犯，用的诈降之计。便趁敌骑未稳，大开关门掩杀过去。前来乞降的人群猝不及防．纷纷四下里逃窜。但李如松的部队太过彪悍，转眼就把他们砍杀殆尽。
因为担心有埋伏，李如松没有进行追击。事后监军御史从辽阳赶来清点首级，确认都是鞑子青壮无误，便上奏朝廷，为李如松请功。可以确定的是，直到请功时，明军上下还都认为，这是来诈降的敌人，而没有意识到杀错了人。
而且还有一种说法是，虽然没有伏兵，但阿毛黑确实是诈降，为的是跟董狐狸里应外合，就像当年宋朝李元昊做过的那样，打开被动的局面。但因为李如松不问青红皂白，就把他们杀了个干净，这种说法已