河水循济水故道入之济运，作为南旺诸湖的补充，这个黄河入梁山的支流就是柳长河，如此一来，河水重新回归东流故道，这样的后果就是对河南的冲击力最大，一旦汛期前来，由于黄河人为地往北分水，常常造成主溜夺枝向北决口，梁山一带频遭水灾，并冲毁张秋会通河运道，使漕运时时处于黄河洪水威胁之下。所以每年的黄河防汛，以及治理河道是大明的重中之重，今年的雨水量不少，黄河决于荥泽，河水漫流于原武，抵开封、祥符、扶沟、通许、洧（wěi）川、尉氏、临颖、郾城、陈州、商水、西华、项城、太康”，南入于淮；东出徐州的贾鲁故道水流微弱，“徐、吕二洪遂浅涩”。让人心惊不已，也让治理黄河提上了日程。为了此事，黄福特意请来平江伯陈瑄，采用他的建议，决定从自淮安城西管家湖凿渠二十里，为清江浦，导湖水入淮，筑四闸以时宣泄”。又“缘湖堤十里筑堤引舟”，使南来漕船经由湖水直接入淮，避免了陆运之艰辛，不仅如此，这样一来，浚仪真、瓜州河以通江湖，凿吕梁、百步二洪石以平水势，开泰州白塔河以达大江。筑高邮河堤，堤内凿渠四十里。久之，复置吕梁石闸，并筑宝应、汜光、白马诸湖堤，堤皆置涵洞，互相灌注。是时淮上、徐州、济宁、临清、德州皆建仓转输。……又设徐、沛、沽头、金沟、谷亭、鲁桥等闸”。
经过这一番大的整顿，按照平江伯的说法是自是漕运直达通州，而海陆运俱废”，如此一来，南北大运河全线畅通，它南起杭州，通过江南运河、淮扬诸湖、黄河、会通河、卫河、白河、大通河，北达京师以东通州大通桥，全长三千余里。通过这条运河，大量粮米百货源源北上，维系京师所需，这样一来，就需要高筑南北两堤，以灌两河之内灌，而淮扬昏垫之苦可免。”然后再采取措施保持淮南、淮北运道无虞，以使“黄淮二河既无旁决，并驱入海，则沙随水刷，海口自复”。但工程量不少，所需要的银子也是一大笔银子，为了这笔银子，黄福不知跑了多少次内阁、户部，可人家就是两个字儿——没钱。