作南北摆动，其河患的发生地集中在河南境内，尤其是开封上下决溢次数极为频繁。
直到永乐年间疏浚贯通大运河后，供应宫廷、百官俸禄和军饷的东南漕粮由运河“一衣带之水”输达北京，保证运河的安全畅通成为明朝至关重要的军国大事。明代运河既要用黄河之水，又要避黄河冲决之害，“非假黄河之支流，则运道浅涩难行，但冲决过甚，则运道反被淤塞。利运道者，莫大于黄河；害运道者，亦莫大于黄河”。基于这个认识，大明的皇帝对黄河都不敢轻视。
尤其是朱棣迁都后，由于保障漕运成为明代治理黄河的行动准则，梁山是大运河的水脊地带，成为仅次于黄、淮河穿运处的重要水利枢纽，期间，黄河对于梁山自然亦是祸福并存，贯穿整个明代。明初，黄河主流仍走贾鲁治河后的故道，“自曹县西南的黄陵冈向东南行，经单县南、砀山北至徐州附近入泗水”，借淮入海。
洪武元年黄河“决曹州双河口，入鱼台”，梁山一带被淹，“寿张县城（今寿张集）圮于水”。“此次黄河决口，洪水冲开寿张诚西门，于城西汇成支流，后称为林秭河。县城被迫南迁十五里到薛屯，一年后又迁至黄河北，即今寿张”。
洪武二十四年四月，黄河又在原武黑洋山大决，分而三：一支东经开封城北五里，折向东南流，再经陈州、向城、太和、颖州、颖上，至寿州正阳镇入淮，后人称为“大黄河”；一支仍东走徐州以南入淮，因水流较小，后人称为“小黄河”；另一支由曹州、郓城漫东平之安山（湖），致使元代开凿的会通河淤塞。《济宁山水志》称“这是黄河第十八次大徙，第五次流经济宁（梁山）境”。大运河因之被迫断航达二十年之久。
真正治理黄河的应该是从永乐九年开始，真正实施起来，当时的水利专家，宋礼疏浚会通河，“使大河由封丘金龙口至鱼台县塌场，会入汶水，经徐、吕二洪向南入淮河，恢复了主河东流的局面”。但宋礼重浚会通河时以汶水为水源建南旺分水枢纽，在设置安山湖水柜时，从金龙口引黄