运河容纳了浑河水中携带来的大量泥沙，容易淤积。到夏秋洪水季节，水势极其汹涌，运河极易泛滥。这样，运河对于京城反是一个威胁。开凿之后只过了十五年，就因山洪决堤，不得已又把运河的上游填塞了。这是一次失败的经验。
然而，陆运耗费的巨大，始终在促使着人们去寻求一条合适的水道。这个任务，到郭守敬的时候才得到完成。
针对这个情况，郭守敬初见元世祖，就当面提出了六条水利建议。第一条建议修复从当时的中都今北京到通州今通县的漕运河道；第二第三条是关于他自己家乡有地方城市用水和灌溉渠道的建议；第四条是关于磁州今河北磁县邯郸一带的水利建议的意见；第五第六条是关于中原地带今河南省境内沁河河水的合理利用和黄河北岸渠道建设的建议。这六条都是经过仔细查勘后提出来的切实的计划，对于经由路线受益面积等项都说得清清楚楚。元世祖认为郭守敬的建议很有道理，当就任命他为提举诸路河渠掌管各地河渠的整修和管理等工作，一年又升他为银符副河渠使，随后经过多次试探，从至元二十年至二十九年，用将近十年时间在今山东省境内开凿济州河会通河，在通州今北京市通州区与大都城之间开通惠河。三条新河道与在河北江苏浙江三省的原有运河相连，形成了现在仍然存在近乎直线的京杭大运河，开始沿此线运送江南的粮米。开通后的京杭大运河和隋代大运河相比，缩短了六七百里的路程。它以杭州为，以北京的积水潭为终点，全长超过一千七十公里，经今北京河北天津山东江苏浙江六省市，把海河黄河淮河长江和钱塘江五大水系联系成一个统一的水运网，成为我国古代南北交通的主动脉，但不直是不是这位大水利学家太急于求成了，竟在自己成名的水利上犯了一个测量上的错误，济宁的地势比南旺低，往南旺方向分水，实则“水往高处流”，不可能实现。结果，会通河“常患浅涩”，漕船过大则经常搁浅，造成堵塞。如此，元代会通河的效率非常低，管理和维护都相当困难。至永乐九年，“会通河道四五百余