元璋有穷苦出身的底，每天处理这么多奏折，件还是有些吃不消，有一次，户部尚书茹素上了一篇奏折给朱元璋，朱元璋命人读给他听，读到一半的时候就用了近个小时，都是什么皇五帝、仁义道德之类的套话，朱元璋当机立断，告诉手下人不要读下去了，数了数数字，已经有一万字了。
朱元璋气急了，命侍卫将茹素抓来狠狠地打了一顿。
到洪武十五年，朱元璋感觉废除丞相给皇帝带来的种种弊端，经过深思熟虑后，仿照唐宋旧制，设置华盖殿、武英殿、华殿、渊阁、东阁诸大士，以其常授餐于“大内”(天宫殿之内)，常侍皇帝“殿阁”之下，起宰辅的作用，为避宰相之名，故名为“内阁”(见《明史•；职官志》)。
自此，内阁在明朝正式落户，但当初内阁的权利并不大，有点内似唐朝的翰林士，秩为正五，其主要权力只是顾问。
靖难之后，朱棣从侄儿手中夺取了江山，他虽没有朱元璋一样独揽大权的雄才伟略，但一次又一次的御驾亲征让他不能真正意义上地总揽政事（想象一下从京师到漠北运送书的荒谬），于是一个帮助皇帝的“助手”机构——内阁应运而生。明成祖即位后，特派解缙、胡广、杨荣等入午门值渊阁，参预机务，称为内阁。内阁制至此建立。
在明成祖掌控之下，内阁与六部各司其职，国家最高行政命令从紫禁城发出，通过全国1936处驿站，全长143700公里的驿道，层层下发到帝国每一个角落。
然而，“阁臣之预务自此始，然其时，入内阁者皆编、检、讲读之官，不置官属，不得**诸司。诸司奏事，亦不得相关白。”也就是说：内阁此时仍然只是皇帝的私人秘书，不是权力机构。
内阁真正进入权力中心的是从明仁宗朱高炽开始，明仁宗朱高炽，因杨士奇、杨荣等为东宫旧臣，升杨士奇为礼部侍郎兼华盖殿大士，杨荣为常卿兼谨身殿大士，之后杨士奇、杨荣等人均兼有尚书职位，虽然身居内阁，其头衔均以尚书为尊。自此，