新世纪福音，曾经与“末日真理”和“死海使徒”构成末日真理教的三巨头之一，在三巨头分道扬镳后沉默了很长很长的一段时间。在此期间，桑海沧田，“末日真理”改组为如今的“末日真理教”，而“死海使徒”则假托“纳粹”之名义，于第二次世界大战后迁移到了月球，最终与“纳粹”不分彼此。只有新世纪福音的动向无人知晓，在女巫VV再一次踏上舞台前，没有人知道这个巨头是如何维持自身机构，又是如何运作这个结构的——它们下潜得太深太深，但其成员却完美地潜伏到了其他的组织中。
在女巫VV召唤成员之前，没有人知道这些成员，而当这些成员应召而来，这才察觉到，这些新世纪福音的成员竟然都是自己认知的身边之人。
新世纪福音在世人们展现出来的神秘又暧昧的模样，很大程度上与这个神秘组织的首领女巫VV对待末日真理的态度密切相关——谁能够想到呢？在过去，一次偶然的聚会中，身为过去末日真理教的发起者之一，当时还不曾叫做“女巫VV”的神秘女性，竟然根本不是末日真理的信徒。
即便是如今，女巫VV并不信仰末日真理，也并不追寻末日真理这一点，也鲜有人知。不过，无论知道的还是不知道的，大都已经死于战争中了，就连女巫VV本人也没有幸免。
事实上，新世纪福音重新登上战争舞台的时候，从来都没有人会想过，第一个出局的大型神秘组织竟然会是他们，第一个倒塌的末日真理教三巨头，竟然会是他们。
新世纪福音强不强？答案几乎不需要思考，当然很强大。女巫VV强不强？这也是同样的回答，仅仅从神秘性上，在人类中根本找不到能够与之并肩者，哪怕算上在战场上出现的怪物们，仅以个体而论，女巫VV也是站在最顶端的怪物之一——然而，就是这样的一个怪物，竟然突然间就出局了。
没什么人知道这其中到底发生了什么事情，没有几个人亲眼看到女巫VV被杀死的那一幕，只是，综合实力屈指可数的新世纪福音在某个时