阳光明媚的一天，大街上熙熙攘攘，人来人往。然而，有一个名叫小智的小孩却总是遭受同学们的嘲笑。原因无他，小智总是喜欢画一些怪兽的画像，并且还经常向同学们吹嘘这些怪兽是真实存在的。当然，同学们对此并不相信，他们认为小智只是在编造故事来吸引大家的注意。小智的母亲也对他这种行为感到不满，她希望小智能够放弃这些不切实际的幻想，专注于学习。
面对他人的不理解和嘲笑，小智并没有在意。他坚信自己所画的怪兽是真实存在的，因为他最信任的老师——中谷曾经告诉他怪兽是真实存在的。中谷是一位知名的生物学家，他的话让小智深信不疑。
与此同时，中谷正带领一群生物学家前往南太平洋未开发的乔森岛进行生态系统研究。这次探险得到了科特队的保护，他们计划在岛上建立一座博物馆。出发前，中谷曾与小智分享过这个消息，并提到乔森岛可能生活着怪兽。这使得小智对怪兽的信念更加强烈。
然而，就在这时，勇治的心情却异常沉重。作为一名勇敢的战士，他被派遣参与这次行动，但他内心并不情愿。一方面，这次任务破坏了他宝贵的假期；另一方面，他认为人类试图研究怪兽的行为是极其愚蠢的，这将不可避免地激怒那些强大的怪兽，因为人类的这些行为不仅打扰到它们，还破坏了它们现在生存的环境。
第二天清晨，太阳缓缓升起，阳光洒在了乔森岛上，给整个岛屿带来了一丝生机与活力。
科特队队长村松敏夫带领着队员们，与中谷博士和其他生物学家一同踏上了探索乔森岛的征程。他们小心翼翼地前行，期待着能够揭开这座神秘岛屿的面纱。
就在这时，一阵低沉的轰鸣声打破了宁静。大家惊愕地望向声音传来的方向，只见一座山开始微微颤抖起来。随着山体的震动，一块巨石从山顶滚落下来，扬起一片尘土。紧接着，一个庞大的身影从山中钻了出来。
那是一只巨大的怪兽，身躯高大而威猛，身上覆盖着坚硬的鳞片，尾巴粗壮有力。