奥古斯特发布了二号指令，在东瀛的所有警察机关行政部门执行轮班制，保证每天二十四小时都能有人监视，皇居的警备力也增加了，整个东瀛进入了戒严状态。
奥古斯特认为消灭这帮人已经刻不容缓了，她发布敕令，对于政治犯的控告一经审判就不可以继续上诉，被处以死刑的人都应该立即执行。
奥古斯特的命令让东瀛的肃反运动进入了最**，前幕府的下层武士集团人数众多，是旧社会的一支不稳定因素，普军对那些曾经嚷嚷过维护天皇统治的家伙全部枪毙，其他武士都被调查，有违宪行为的大多都领了盒饭。
从上层武士阶级开始，基本上上面的人都没有什么好日子过了，上层武士阶级被逮捕的就超过五千个，执行死刑的有六千多人，旧幕府的大名基本上家产全部被收缴，有抵抗的也一并领了盒饭。
征夷大将军德川家茂靠着她的妻子躲过一劫，但是他的兄弟们就没那么好过了，安藤信正，久世广周，德川庆喜、德川庆恕、松平庆永等都被奥古斯特逮捕，或者直接领了盒饭。
德川家茂也被接到了皇居，在肃反期间是出不去了，德川家族参与过政治的人基本上都被奥古斯特送去领了盒饭，随着大清洗愈演愈烈，久坂玄瑞在九州地区组织了一场声势浩大的尊王攘夷运动，组织了三千的民兵，进军福冈，试图对抗这次大清洗。
那些还没被发便当的旧幕府军官与政治家都加入了这起尊王攘夷运动，他们打出恢复天皇统治的口号，试图争取更多的支持，但是很明显，东瀛人民并不支持他们，因为普军的到来让东瀛难得的安静了半个月，现在你们恢复的到底是天皇的统治还是幕府的统治呢？
只有少部分激进民族主义分子加入了这场运动中，无法得到全国广泛支援的尊王攘夷运动立刻就遭受到了沉重的打击，还是这帮人先沉不住气。
不过也不能怪他们，奥古斯特的大清洗已经把北海道和四国地区都给查了，本来那些旧幕府军官还认为奥古斯特不会拿他们怎么样？结果呢？不