在神奥传说中，整个宇宙，包括宝可梦世界，是由一位名为阿尔宙斯的宝可梦创造的。阿尔宙斯从虚无之地的蛋中诞生，是第一只存在于世界的宝可梦。接着阿尔宙斯创造出帝牙卢卡，帕路奇亚，还可能包括骑拉帝纳。阿尔宙斯分别给了帝牙卢卡与帕路奇亚掌控时间与空间的能力，而骑拉帝纳则掌控反物质的能力，它存在于另一个次元之中。接着，在世界诞生之初，阿尔宙斯创造了亚克诺姆，由克希，和艾姆利多，分别代表共存于现代的人类和宝可梦之中的意志、知识与感情。它们生存于今天被称为立志湖，睿智湖，心齐湖的湖泊的异空间里，被称为湖中的传说的宝可梦。在此期间，梦幻在宝可梦世界诞生，并包含了当时及未来存在的全部宝可梦的遗传基因。
很久很久之后，固拉多从地底的岩浆中诞生，盖欧卡在深海的海沟中出现，烈空坐则形成于臭氧层的物质中。烈空坐在臭氧层中盘旋，偶尔也会来到天空之柱休憩。固拉多和盖欧卡分别扩张着大陆与海洋。两只超古代宝可梦终于碰面，带来了为争夺在宝可梦世界之初的优势而进行的激烈战斗。烈空坐最终平息了这场战斗，并使得固拉多与盖欧卡回到各自长眠的洞窟中。为了防止两只超古代宝可梦再度醒来，朱红色宝珠与靛蓝色宝珠被制造，并保管于送神山。当时，梦幻在世界各地出现，有相当多的分布数量。除此之外，宝可梦世界中出现了天冠山一类的地块，随着雷吉奇卡斯在陆地间的移动，形成了各个地区，在天冠山周围形成的是神奥地区。在这场造山运动中，神奥地区的东北部出现了严酷山，在其中的岩浆中诞生出席多蓝恩。阿尔宙斯创造了金刚宝珠、白玉宝珠和白金宝珠，之后进入了长眠之中。
远古时代的未知图腾
同时，阿罗拉进入初始形成时期，但没有光明，天边三只传说中的宝可梦出现，索尔迦雷欧，露奈雅拉与奈克洛兹玛给阿罗拉带来了光明，随后奈克洛兹玛渐渐消失了光，进入沉睡之中，索尔迦雷欧与露奈雅拉也消失在了天边。
许多年之后进入