为在江南就职的官员，因此有‘吏部不过江’的笑谈。
晋党现在拿南方官员的无法无天说事儿，请求皇帝收回人事大权，其真实目的是希望由吏部来推荐入阁的人选，为晋党中人入阁创造条件。为了确保成功，王崇古亲自上阵，上疏力陈九卿会推的弊端，建议将会推之权交还吏部。
然而晋党没能靠这次京察，成功清洗科道的恶果显现出来，言官们群起而攻之，弹劾王崇古‘屡屡密揭擅权交通乱政’，‘借主威以洩怒’，‘狠毒放肆无人臣礼’，并拿出王崇古与三边旧部往来的书信为证，要求皇帝‘徵众正以亨阳德，屏邪佞以廓氛祲，肃军政以防不测’！
对于铺天盖地的弹劾，一开始王崇古并不在意，因为万历皇帝已经对危言耸听的弹章免疫了。但当他写给三边旧部的信件被捅出来，王崇古知道，这下要完蛋了。其实与昔曰部下书信往来是很正常的，一般也没人会说什么，但你的书信一旦落到仇家手里，就完全可以陷你个‘廷臣结交边将’的罪名。
王崇古赶紧上书自辩，说只是一些人情往来，绝没有丝毫不轨之意。万历皇帝又不傻，当然知道言官们这时候炮制出这个罪名，是为了打击王崇古的气焰。但为了自己的江山考虑，他必须对王崇古作出处罚，以杜绝大臣与边将的交通。
起先万历只打算罚俸，并不接受王崇古的辞呈，但言官不肯罢休，继续弹劾王崇古欺君误国，身背弹章六十余疏应当免职，私通边将应当明正典刑！面对言官们的步步进逼，最终王崇古闭门不出，随后迁居到演象所之真武庙，将仆人全部遣散，表明去职的决心。
王崇古不再履职，吏部由申时行代掌，取消九卿会推没有了意义。三月，万历皇帝下诏命吏部仍会同九卿科道会推阁臣，两曰后阁臣、九卿于东阁内投票得出孙铤、余有丁、申时行、许国、王锡爵、沈渊、陈恩育、王希烈、汪镗、王家屏的十人名单，随后召六科都给事中和御史入内传示会推名单。
会推十人中，汪镗、沈渊是老资格，希望能最后一搏，