可是事情并不想肖明想的那般顺利，首先就是杭州不稳，杭州城已经是交换了两次了，对于这个东南最大的城市，魔教叛军是志在必得的，原本按照历史进度，本不会出现这种情况，但异数就出现在肖明身上。
本来方腊是在宣和二年十月初九青溪起义的，十一月初一，义军占据青溪西北帮源洞险峻山地，置官吏、将帅，建立政权，二十二日，义军以佯退诱伏之计，于青溪西北息坑，伏击全歼蔡、颜所部。继乘胜东进，攻克青溪，迫近睦州，知府张徽言弃城而逃。
十二月初二，方腊率2万众入睦州，斩杀贪官，开仓济贫，并分兵占领分水、桐庐、寿昌、遂安等县，然后进行分东西两路北上，东路进军杭州，西路攻打歙州（作者按：这个是在安徽省）二十日，歙州守将郭师中率军出战，被歼殆尽，代知州毛栗亦被民众怒杀，婺源(今江西省婺源西北清华)、祁门、绩溪(属安徽)等县官吏闻风皆逃。
方腊遂遣军一部北攻宁国、宣城(属安徽)，自率主力移师东路，攻克新城(浙江省富阳西南)、富阳，直逼杭州，而吕师襄则是带西路军继续攻击歙州。
但鬼使神差的是，由于肖明这个历史的破坏者的出现，杭州的地位在魔教叛军眼里出现了变化，反而更加重视，吕师襄则亲自请命攻击杭州，这个可能就是所谓的蝴蝶翅膀效应，历史的空间和时间维度被改变了。
原本在十二月二十八日，叛军开始攻城，知府赵霆惧战先逃，二十九日凌晨，方腊率众攻破杭州城，杀两浙制置使陈建、廉访使赵约，叛军拿下杭州纵火六日，杀人无数，大量的财务和粮食布匹被抢，但却变成了吕师襄提前进攻杭州，在二十四日凌晨依靠幽明军破城，又于二十七日撤出杭州。
叛军并不是没有所得，杭州城被行抢了三天，府库钱粮无数，已经很大一部分被运出城去，而方腊的西路大军在得到了湖州明教分坛石生的帮助，沿太湖水域已经到达杭州地区，整个叛军合兵一处，共十几万大军威逼杭州。
情况仍然