肖云自然知道昨晚发生的事情，所以并不当心小智和小霞会出什么事，反而回忆起了动漫里看到的那一幕，笑了起来，他没想到会这么真实，他居然也跟着体验了一遍剧情，虽然没有过程，但却看到了结果。
那时小智在君莎的帮助下急匆匆的送皮卡丘来到了宝可梦医疗中心治疗，当即便受到了宝可梦医疗中心的护士乔伊的严厉批评，而小智也深刻了反省了自己的错误。
在等待的途中，小智的内心一边有着对皮卡丘的担忧，一边也有着无人诉说的苦恼，思前想后，小智给家里的妈妈花子打了个电话，结果心中的苦恼还没说出来花子就急忙挂了电话。
小智有些失落的走到了一面有着四块不知名宝可梦的石板面前，看到其中一块石板中的宝可梦跟他在逃忙途中见到的一只宝可梦很像，也就是这时候，小智突然接到了大木博士的电话，在跟大木博士寒暄了几句之后，小智提起了不知名宝可梦的事，结果大木博士根本不相信他，在鼓励了小智几句之后，大木博士也挂断了电话。
随后小霞背着被电焦的脚踏车来到了宝可梦医疗中心，看到了小智，就气冲冲的要他赔车，两人争吵期间，皮卡丘终于治疗完毕被推了出来，两人暂停争吵一起询问起皮卡丘的情况，在得知皮卡丘无恙后，小智悬着的心总算放了下来。
两人在陪护皮卡丘期间，宝可梦医疗中心突然收到了有宝可梦绑架集团也就是火箭队入侵的警报，随后宝可梦医疗中心就遭到了火箭队的阿柏蛇、瓦斯弹的袭击，乔伊情急之下带着小智、小霞以及受伤的皮卡丘躲进了一个专门存放宝可梦精灵球的房间，其中还有许多可爱的皮卡丘。
在精灵球传输的过程中，阿柏蛇和瓦斯弹攻了进来，小智和小霞不得已，只能用其中的宝可梦应战，结果都不堪一击，最后在小霞的拖延下，小智带着皮卡丘逃到了一个全是皮卡丘的房间。
随着小智的皮卡丘振臂一呼，房间里的皮卡丘们都跑了过来，一起发电为小智的皮卡丘充电，然后再一起放电击败