宝可梦世界，欧雷地区，这是一个极为干旱的区域，在这个地区内可以说几乎没有野生的宝可梦。为了改善欧雷地区的环境，欧雷地区引进了其他地区的宝可梦，但那些宝可梦并没有改善欧雷地区。
因为在这个地区中，有着两个邪恶的组织。一个组织叫做夺取队，他们经常夺取他人的宝可梦。另一个组织叫做暗影，他们会捕捉宝可梦，并将那些宝可梦黑暗化。
而此时，暗影组织内部的成员全部一动不动，就像是什么时间停止系列一样被停止了自身的时间一样。
与此同时，夺取队内部，夺取队的成员们和暗影组织的成员们一样，他们的时间都被停止了起来。
当他们的时间恢复的那一刻，他们不约而同发出了尖叫。因为他们组织的最高科技产物消失不见了，不过夺取队的还好，因为他们只丢失了两样，但暗影组织可丢失了整整三样啊！
并且，负责制造它们的人全部失去了记忆，制作方法全部丢失，仿佛直接被这个世界所抹除了一样！
而距离欧雷地区十分遥远的关都地区，在一个名为真新镇的小镇中，一个竹篮正整齐的摆放在一户人家的门口。
此时，房门打开，一位女性看着门口的竹篮。她俯下身掀开竹篮上的一层白布，在白布下是一个熟睡中的婴儿。
同时，一张纸条出现在婴儿的胸口上。
她看着纸条内的内容，又看了眼竹篮中的那位弃婴。一个想法出现在她的心中，她要收养这位弃婴！
“以后，你就叫小缘了。”那位女性对着竹篮内的婴儿说道，听到自己的名字后，那位婴儿似乎笑了一下。
眨眼间，五年过去了。一只波波来到一户人家的窗前，它来到窗户前敲打玻璃，并发出了清脆的叫声。
“是是是，你这个小家伙，每次都来这里要吃的。”一个暗紫色头发的少年来到窗前，他打开窗户，将一块饼干放在波波面前。
波波叼起饼干后便飞离了这里，看着飞走的波波后，少年撑着下