到犯人，还是要交给锦衣卫北镇抚司处置。
虽然东厂成立的时间，要比锦衣卫晚一些，但出于设立的根本原因，是朱棣想要让其监督锦衣卫，所以东厂一直凌驾于锦衣卫之上。锦衣卫指挥使见到东厂厂公，甚至都要行跪拜礼。
到了明朝中后期，特别是刘瑾、魏忠贤等大宦官掌权之时，锦衣卫指挥使的任命，甚至都要经过他们的允许。因此后来的锦衣卫，也不得不依附东厂，成为其手下爪牙。
值得一提的是，东厂这样一个坏事做尽的组织，其总部大堂竟然悬挂的是岳飞的画像，实在是讽刺。
这第三个特务（特权）机构就是西厂
西厂的成立时间就更晚了，明宪宗朱见深即位后，渐渐对东厂的工作感到很不满。有一次，道士李子龙潜入皇宫，差点伤了明宪宗，所以明宪宗认为，光有东厂保护自己还不够。
于是，明宪宗让自己的亲信太监汪直，从锦衣卫中挑选高手，专门负责保护自己。除此之外，还让他们到民间去刺探动向。为了与东厂进行区分，所以明宪宗就将这个有汪直带领的团队，命名为“西厂”。
由于汪直是明宪宗的心腹，加上他也很努力表现自己，立下不少“功劳”，所以西厂的在编人数，渐渐超过了东厂。如此一来，汪直就更有干劲了，只要民间有任何风吹草动，他就要大动干戈。有时候没有案子，他也要设法制造一连串案子出来。
明宪宗见汪直如此能干，就给他更大的特权，就是可以不用汇报，便能直接抓人，并且进行审讯。史书记载汪直当时：
“气焰熏灼，凡西厂逮捕朝臣，初不俟奏请。”
时间一长，冤假错案就越来越多，群臣对于西厂的反对声也越来越大。汪直一时间成为所有人的公敌，也就这样慢慢退出政治斗争的舞台。
明武宗朱厚照即位后，由于宠信宦官刘瑾，所以西厂又得以重开。不过随着刘瑾的倒台，西厂也正式宣告关闭，此后再没有重启过。
这第四个特务（特权）机构就是内