地球，太阳系唯一一颗充满生机与活力的星球。
在这颗星球上，人类与一种名为神奇宝贝的奇特生物共同合作，愉快而祥和地生活在一起。
可如今这颗璀璨而美丽的星球却早已不见了踪影。
地球轨道周围漂浮着无数岩石，绝大部分岩石都围绕着一颗硕大无比的红色球形核心呈球形旋转，这颗红色核心正是地球的地核，
岩浆与海水漂流在宇宙空间中，其中包裹着无数人类与神奇宝贝的尸体。
岩浆遇冷固化为岩石，海水结冰，冻住了一切生机与希望。
...
“小智，快醒过来，我需要你的帮助，小智！”
少年听到有人在呼喊他的名字，缓缓睁开双眼，出现在他眼前的是一头拥有马形外表的神奇宝贝，令人敬畏的圣白色身躯周身围有一圈圆环。
“你是，阿尔宙斯？”小智刚刚苏醒，意识还很模糊以为这是他的梦境。
“看来你还没有完全恢复过来，你先看看周围。”
“周围？”小智左右张望，一颗巨大冰块从他身边飘过。
里面的凄惨状况瞬间让人清醒了许多。
他想起了一切并且意识到了自己目前的处境，是的，他已经死了，现在只是一缕还未散去的残魂。
“战斗呢？战争怎么样了！”小智的灵魂向阿尔宙斯发出呐喊，同时也观察到了它身上的异样。
创世神阿尔宙斯本该有着耀眼光辉的金色圆环，如今却失去了所有颜色，只留有象征一片死寂的破败之灰，并且它的身体正在逐渐变得透明，跟小智一样也只剩下了灵魂。
“很遗憾，我们失败了，万万没有想到另一个我的力量居然在我之上，两个平行宇宙之间的战斗是我败了。”
这场次元之战来的很快，一头自称是黑暗阿尔宙斯的神奇宝贝，带领着众多神奇宝贝凭空出现在地球上，次元之战由此爆发。
双方打得天昏地暗，两位创世神交战和其他无数神奇宝贝的战