碧蓝镇，友谊商店
“您好请给我来一份关都联盟日报。”
小智拿出一元硬币给到店员，得到报纸后便默默地坐到店门口的长椅上，小刚和小霞也是立刻凑了上来。
纸面一摊开，赫然写着几个大字，‘联盟贪官被捕，家中搜出数十亿资产’。
神奇宝贝研究学校开设已有七年，能够成立至今，不可能一点关系都没有，小刚与小霞以道馆训练家的身份联名举报学院，此外还经历了无数在校生和以前退学的学生，及其家属等上千人的大型游行活动。
这所学校绝非高额收费低能教学这么简单。
经过小智与的小刚仔细观察提出质疑，再由数十名神奇宝贝学者亲场取证，发现该学校派发给学生的神奇宝贝当中，有％的神奇宝贝存在极大的基因缺陷和隐患，这种情况大多只有一个原因——近亲繁衍。
这种神奇宝贝潜力非常有限，终身难以跻身精英级，但是有一点与教学内容非常契合，它们能够较快地领悟绝招并进化，所以那些学生手上才会出现那么多实力低下的进化型神奇宝贝。
大木博士等一众学界的权威人物更是在本事件中顺势推翻了神奇宝贝等级论，领悟绝招和进化与等级的关系并不大，先前这套理论只是将不同神奇宝贝学会相同绝招时的时间段与身体发育情况作为记录，从而提出等级论。
一个不成熟还未被完全证实的理论竟然成了教学理论。
当时学校在校生共有名，每位学生至少配有只神奇宝贝，而且还要听话，如果纯靠精灵球捕获驯服并指导他们听从学生的指令非常困难，最理想的收服方式还是孵化收服。
孵化收服、近亲繁衍…联盟调查小组顺着这条线索找到了共计所地下培育场，那个地方会通过各种残忍手段强迫神奇宝贝产蛋，其性质属于非法实验。
学生手上的神奇宝贝经过一定程度的挑选，外貌上不会走样，里面有成百上千的神奇宝贝因为基因存在问题无法供给学生使用，最后被处理成肉制品