木叶训练场。旗木朔茂发现千鹤失踪，来到训练场发现千鹤的傀儡娃娃。朔茂捡起娃娃搜集线索。却听到娃娃自己说话。：你们是谁？不是暗部。是团藏吗？团藏大人要见你。我已经不是忍者了。这由不得你了！油女一族吗？啊！
旗木朔茂：“团藏！”旗木朔茂去了火影办公室去找猿飞日斩。但团藏是猿飞的老队友了。所以猿飞办事开始拖拖拉拉。旗木朔茂独闯根部实验室发现一个会用木遁的孩子。实验室内其余实验体全部死亡。旗木朔茂在实验记录中找到了日向千鹤的名字。
最后旗木朔茂吧证据交给猿飞日斩。猿飞只是打散了根部融入到暗部中。团藏也只是撤销了职务罢了。从此木叶白牙每日饮酒度日。从此不再碰刀。
再说千鹤被初代细胞滋养慢慢又了意识。但就算有意识也是模模糊糊的。终于一阵剧痛让千鹤清醒过来。大蛇丸和几个根部一声把她新长的手臂切了下来，千鹤恢复一些意识能看到大蛇丸和几人忙着给团藏安装千鹤的木遁手臂。大蛇丸还亲自给手臂移植写轮眼。
千鹤知道等他们做完事情就会处理自己，哪怕装死也会被大蛇丸解刨。现在唯一的幸运是千鹤知道时候木遁忍术。而且还是初代的拍拍手结印方式。（一个印）虽然千鹤现在又没了右手。但左手单手结印而且只需一个印还是能完成的。
千鹤第一个印是木分身，第二个印是土中潜航之术。无声无息间千鹤潜入地下逃出暗部。逃出暗部基地因为连用了两个术初代的细胞有些不稳定。千鹤靠在大树上蘸了点自己血用里四象封印之术术先把右腿细胞压制在大腿之下。
千鹤偷偷回到自己的小工坊，检查了一下这里还没人来过，在暗格里找到自己调制的能打破基因隔离的生化酶。这样就能把千鹤体内的三种基因平衡。有可能千鹤以后会变成一只蜥蜴。或者维持人类样子。但总被被初代细胞变成一棵树强。
想到变成树就想到暗部的木分身。现在团藏手术差不多了。千鹤直接把分身变成枯木，这样千鹤就是个实验