不知不觉，小智已经在城都地区收服了四只神奇宝贝。
赫拉克罗斯、月桂叶、火岩鼠加上刚收服的呆呆兽，加上现在带在身边的皮卡丘、卡比兽以及杰尼龟，小智身上的神奇宝贝再次达到了7个。
因此，小智只好将杰尼龟传送给了大木博士。
或许是杰尼龟在这段时间里感觉到了什么，毕竟小智将很多的精力都放在了新来的几只神奇宝贝身上，很少再找它训练，而是让它成为陪练，帮助其他神奇宝贝们。
还有，就是和它们一起旅行，最终很快进化到最终阶段的喷火龙，在艰苦的训练之后获得了全新的力量，这无不让它羡慕不已。
其实妙蛙种子在被小智收服不久之后，就已经累积到了足够的力量，能够进化。
在妙蛙花的神秘花园内，那只长老级的妙蛙花想利用自己的力量，帮助妙蛙种子们进化。
可是，妙蛙种子拒绝了，它压制了体内出现的力量，放弃了进化。
它要证明就算不进化，也可以得到强大的力量。
但在关都的石英联盟之中，它和杰尼龟吃了苦头，也让小智吃了大亏，虽然不算是个大跟头，但显然如果它们拥有更强壮的体魄，一定能帮小智获得更好的战绩。
杰尼龟一直默默压抑着没有进化，原因就是为了它在被小智收服前的那一群小弟。
作为杰尼龟军团，难道进化不是意味着叛变吗？
可是，这对自愿跟随小智成为他的神奇宝贝的杰尼龟来说，算不算是心存二心？
现在，小智身边的神奇宝贝满员6只，连那只整天只知道睡觉的大胃王，也被小智带在身边，却将自己这个曾经的大将传送了回来。
在回到大木博士的后院之后，杰尼龟和妙蛙种子就进化这个问题做了深入的讨论，却迟迟没能出一个结果。
其实它们心里明白，小智愿意尊重它们，就算它们不愿意进化，也让它们能够选择自己喜欢的生活。
妙蛙种子似乎找到了自己可以胜