吴超最终做了逃将，下令旗舰立刻向南岸港口处转移、逃跑，不再坚持作战，然后下令水师撤退。
旗舰带头逃跑，瓜洲水师其余战舰看到了，也不打了，赶快跟着一起逃跑，原本咬牙坚持的战舰也失去了战斗意志，只想着逃跑。
因为吴超只顾着自己尽快逃跑，下达了撤退命令之后却没有指挥有序撤退，以至于整个宋军水师变的混乱起来。
宋军水师为了撤退而变得混乱，可明军水师依然保持着进攻姿态，于是宋军战船不能应对明军船只的配合，被纷纷击沉、夺取。
周满城很快确定南宋水师正在仓皇逃跑，他大喜过望，意识到这一战他获胜了，瓜洲渡即将被明军彻底控制，他立刻下令，率领全军挥军压上，战船全部出击，进入总攻状态。
瓜洲水师残余的船只不能抗衡，撤退很快变成了溃逃，而明军水师一直追击，一直追到了瓜洲渡江南港口处，将瓜洲水师基本上全部歼灭了。
瓜洲水师剩余的战船不是被明军炸毁就是被明军撞沉、拍碎，还有一些船只被包围之后主动投降了，免于被击沉。
吴超放弃战斗之后逃跑的速度超快，仓皇丢弃旗舰南下逃跑，很多水军也试图一起跟着跑，但是纷纷在港口处被明军火器击杀。
周满城随后派兵抢滩登陆，一边喊着【大明胜利了】【刘錡已败】等等震慑人心的口号，一边击溃了南宋的港口守军。
两炷香的时间之后，周满城麾下水兵就成功夺取了江南港口，成功控制了瓜洲渡南北航线，完成了明军南下的第一阶段目标。
周满城控制港口之后立刻派人回到江北通知周至，向周至请求援兵，以便完成登陆，更进一步向镇江府发起进攻。
差不多一个白天的时间，周满城指挥明军水师顺利击败了南宋水师，取得了相当不错的战果。
明军水师一战击沉击毁宋军战船七十余艘，俘获宋军战船三十余艘，歼灭宋水兵千余人，生擒五百余人。
而明军水师在这一战之中被击