在第三次忍界大战和后来的各种事情里面损失小了许多——比方说本该死去的木叶白牙就活了下来，而本该叛逃的大蛇丸也乖乖留在了木叶村，虽然走了宇智波一族，虽然金色闪光还是死在了宇智波斑引起的九尾之乱中，但整体来说，当原作剧情正式展开的时候，木叶村的实力是比原著里面强很多的。
可是……没过多久，玩家们就发现剧情完全变了！
因为没了大蛇丸这个前期的ＢＯＳＳ，所以故事剧情会变化自然理所当然，反正真正的ＢＯＳＳ不是大蛇丸，而是“晓”。可当神秘的“晓”组织出现，跟木叶村几番大战难分高下之后，那个首领居然提出了议和？！
更加令人惊讶的是，双方首脑秘密长谈之后，议和的结果居然是——“晓”组织整个并入木叶村，成为一个新的独立部队！
这样的变化已经让玩家们大跌眼镜，不少人都发出了“那我们该跟谁战斗呢？”的疑问。
面对这种疑问，志村召开了木叶村的全体大会，提出了一个惊人的计划：
忍界统一计划！
利用各种外交、金钱和武力手段，迫使其它忍村放弃独立，并入木叶村，而木叶村本身则放弃“统治”，改为“训练”和“管理”，把忍者这个见不得光的职业逐渐转变成光明正大的冒险者……
这样一个庞大的宏伟的计划，震惊了所有的人。
谁都知道，要执行这样一个计划，需要花费大量的人力物力，需要流很多的血，但志村以未来的和平和光辉的前景说服了大家——“晓”组织的首领也宣布将会竭尽全力推动这个计划的实现。
直到这个时候，大家才想起来：无论是志村团藏还是晓组织的长门佩恩，都是热衷于统一忍界乃至于统一世界的，虽然各自的终极目标有所区别，但最起码在“统一”这一点上，两人并无分歧。
而当沙隐村的风隐我爱罗也被说服，率领着同属五大忍村之一的沙隐村加入统一计划的时候，谁都知道，忍界的统一已经真正拉开了序幕，历史的车轮