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在新内阁成立后不久嘉明又对国家安全委员会进行了大规模的改组，秘书长的权力被削弱不再拥有统兵权及一般决策权（也仍须报紫辰殿备案）只是负责召集和协调军方系统与内阁各部门的配合与协作，以及各军兵种之间的协调；但由于新任秘书长楚天雄兼任内阁副总理和国防大臣，因此他实际上所掌握的权力并不比前任小多少！不过由此可以看出天佑皇帝对军权的看重和对权力过度集中的警惕。
对国安会的改组主要是侧重于继续深化军队改革，即军队‘皇家化’！也即是无论何时何地军队都只能忠诚于帝国皇帝！为此嘉明还大刀阔斧地推进调兵权与指挥权的分离，国防部及其所属的陆海空三部和战略导弹司令部拥有对各大军区各兵种的统一调兵权；而指挥权则归属于总参谋部！另外同样直属国安会的总政战部被赋予了指导全军政治思想领域（宣传教导军队必须无限忠诚于帝国和皇室）的一系列权力！至于总后勤部则将所有与生产营运有关的东西全部剥离改以竞标采购的方式专门负责对军队的所有物资和武器装备的保障供给，由此也大大减少了军队权力寻租产生腐败的空间。
国安会另一个最重要的组成部分就是情治谍报单位－－－国安部，嘉明将之前的国防情报局等分散于各部门的这些谍情局统一划到国安部名下并按对内归属国安总局，对外则归属帝国情报总局。
嘉明还将原警政署升格为挂靠内政部的警政总局，并加大了警察在处置反恐和危害公共安全罪行等方面的权力，比如临时突检各类公共场所和随机抽查街上行人的身份证明等等；但此举就招致远避海外的人民党和一些异见人士的抨击，指天佑皇帝和他的朝廷践踏人权并加强独裁！嘉明却丝毫不为所动地又作出一个大举动：将原属各州的治安部队统一编为直属国安会的内卫部队！同时又从身边银衣卫和紫衣卫中抽调优秀人才到各州担任其内卫部队的司令官，此举无吝于再次加强了朝廷的中央集权并大大削弱了地方分裂势力。
由于之前因