赴日喀则时，侵入协嘎尔的廓尔喀侵略军撤退。之后，廓尔喀提出议和。驻藏的官员最后私自接纳了议和的办法。第二次入侵，由于清朝在西藏驻军不多。廓尔喀军队一度占领了后藏地区，并在扎什伦布寺大肆抢掠，**喇嘛和班禅额尔德尼相继向乾隆皇帝求援。乾隆闻讯后急调福康安率1万多名清军收复失地。
福康安从青海、甘肃、四川筹调部队，星夜兼程的赶往西藏，四十天杀到，每天皆强行军。其迅雷一样的速度和行动大大出乎廓尔喀军的预料。结果清军六战六捷，杀敌四千，收复后藏，并乘胜打过喜马拉雅山，兵临廓尔喀首都阳布城下（今加德满都）。绝望中的廓尔喀国王不得不求和，表示愿意臣服清朝，向清朝每五年朝贡一次。这一从属关系很稳定，在原时空里一直持续到1908年尼泊尔彻底为英国控制，英国禁止廓尔喀向清朝朝贡。后世的廓尔喀因此也被称为中国最后一个藩属国。
但廓尔喀的满清的忠诚，不见得他们对新秦也这样的忠诚。在新秦以不可抑制之态，飞快的取代了满清的统治地位之后，廓尔喀虽然一样的对新秦表示了臣服，但态度可生硬的很多了。
更别说秦军入藏以后，刘盛藻在廓尔喀建立了跟北京的联系之后，第二年就迫使廓尔喀放弃了西历1856年与西藏签订的《西藏尼泊尔条约》。
廓尔喀在19世纪的中前期是敌视英国的。1816年，廓尔喀吉尔达国王不幸染天花去世，2岁的尤金德拉继位，由王太后拉利塔和首相比姆.森.塔帕执政。为了夺回失地，废除不平等条约。比姆开始了尼泊尔第一次近代化改革。为了对付英国人，比姆联络了英国人的死敌——法国，在法国人帮助下，尼泊尔建立起近代化的军工厂。并且改革军制，大力发展贸易和建立工业。也于是，这一切自然就遭到英国人的嫉恨，英国人选定了廓尔喀大将军忠格.巴哈杜尔.拉纳作为其代理人。在他们的煽动下。1846年忠格.巴哈杜尔.拉纳发动政变，杀害首相比姆.森.塔帕，以及将军、大臣400多人，夺取