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虽然是填鸭式的被强行在脑海里塞进来很多知识，但是通过阅读璇玑子留下的记忆，秦佳琪知道了阵法与医术的基本原理其实都是阴阳五行。在医术方面，阴阳五行着重于讨论人体机能的变化，方便医者对病患的诊治；在阵法方面，阴阳五行着重于解释天道循环，方便布阵者以阵法为基础在阵图范围内沟通天道为己用。
秦佳琪通过对阵法基础理论的学习，深深地体会了一把阵法的深奥以及博大精深。在璇玑子留下的记忆中，阵法分为幻阵、困阵、杀阵三大类。幻阵可以通过阵法影响人的思想，让进入阵图之内的人产生种种幻象而不自知；困阵是幻阵的升级与加强，除了能让人产生幻象以外，还能影响人的方向感，让进入阵图的人迷失方向而无法走出阵图；杀阵就是利用阵法沟通天地能量用以攻击闯入阵图的入侵者，攻击力的大小取决于阵法的不同以及布阵之人对阵法的理解能力。
在幻阵、困阵、杀阵这三大阵法种类之外，璇玑子还根据自己来到这个大陆以后的一些见闻列出了第四类阵法，这类阵法有点类似于杀阵的布置，但是与杀阵又有着明显的不同。璇玑子管这第四类阵法叫做聚灵阵，而这第四类阵法的作用就是引动天地灵气进入阵图以供阵图内的人修炼使用。
在学习阵法理论的同时，秦佳琪也没有忘记自己学习阵法的初衷，经过与自己炼丹的一些经验比较，还真的让秦佳琪发现了一些端倪。
秦佳琪发现，自己炼制的唯一一种三阶丹药炼制过程中就有阵法的一些影子。五行精华最后的融合排列过程中所显现的就是八卦图，而成丹时的图像是太极图，如果把两种图案结合到一起，就是太极八卦图。八卦阵是一种阵法，两仪阵也是一种阵法，把八卦阵和两仪阵结合到一起就会形成两仪八卦阵这一个新的阵法。而自己炼制出来的三阶丹药里就隐藏着一座两仪八卦阵，所以自己炼制出来的三阶丹药不仅仅具有生机，而且还能吸聚天地灵气给服食丹药的人。
阵法本身的玄奥以及阵法对炼丹