大明为了尽快结束兵变，特意派出辽籍文官中官衔最高的张国臣前往登莱，与孔有德、耿精忠等叛军主将见面，试图招抚辽兵叛军。
总督刘宇烈率领的几万大军刚行至昌邑县，就被孔有德率领的辽兵叛军迎头痛击，几万明军毫无战斗力，刚一接阵就一哄而散，刘宇烈也抛弃大军独自逃跑。与他一起来的还有京城神机营和五门红夷大炮，以及大量的辎重物资，全都落到了叛军的手里。
辽将孙应龙因为与耿仲明旧交甚好，写书信一封劝降耿仲明，耿仲明将计就计，随便找了一个人头送了过去，说他已经斩了孔有德，让孙应龙迅速来受降，孙应龙高兴的率领海军舰队从天津直奔登州，刚一上岸就被耿仲明斩杀，大量的战船也成了叛军的战利品。
登莱的局势越来越糜烂，大明朝廷主张进剿的声音逐渐高涨，户部侍郎刘耳枝，竟然一头撞死在朝堂的柱子上进行死谏。
崇祯四年（1631年）九月，在登莱兵变发生的五个多月后，大明朝廷终于失去了耐心，派出文官朱大典接任山东巡抚，太监高起潜监军领关宁军5ooo人等诸军共计三万多人围剿叛军。又调集了津门、淮海等地的水军五千人前来夹击叛军，试图从海上完成了对叛军的封锁。
可当大明水陆大军慢腾腾的赶到山东之时，发现登莱的叛军已经消失的无影无踪。
辽兵叛军已经在登州陆续登船离开了登莱，山东兵团的三艘登陆舰，几十艘风帆船，叛军的几百艘战船，以及他们在登莱沿海收集掠夺的几百艘民船，还有江浙宋世平也派来了大批海船，载着大量人员和无数物资驶往了济州岛。
与他们一同坐船离开的还有他们在登莱俘获的大量明朝文武官员和家属，包括孙元化、朱万年、张可大，王道纯、宋光兰、王征、张焘等人。原本孔有德等人要把这些人放了，但李明却极力主张把这些人一起带走。历史上孙元化与张焘被处死，宋光兰和王征、余大成等人被充军，结局都很凄惨。
李明之所以这么做，主要是考虑的是一帮