发难，布下伏兵将桓秘、桓熙、桓济连同司马道子数百人尽数杀死。算是会为其义父袁真报仇。在逃回临淮的路上，灌秀突然反正，斩杀袁恩及其亲信三百余人，夺回桓秘叔侄以及司马道子的首级，领军向建康投诚。
柳畋坐镇建康，先接收了桓冲地两万官兵，缴械整编。而桓冲上表朝廷，辞去所有官职，并传令扬、豫、广、徐、交诸州兵马原地待命，不得异动，而自己带着家人赴许昌待罪。十月中，柳畋汇集了五万后续从司、豫、兖州调集的府兵。遣阎叔俭为前锋，领军与王开、朱武章部汇合，直下三吴。十一月，北府军在阳羡大败孙、卢叛军，斩首四千余，余部分串吴兴郡和会稽郡。而就在十月，接到命令的北府近海第三舰队汇集了一万水兵和五千水手辅兵，一举收复了上虞、句章、余姚和山阴。直接端了孙泰的老巢。接着又继续攻陷了永兴，与早就接过防务的钱塘连成一片。
孙泰见去路已断。只得转向逃往吴郡，王开、朱武章领军紧追不舍。孙泰残军从三万一路逃散，最后所剩无几，但都是他最忠诚的信徒。逃到海盐，孙泰无路可逃。只得跳海自尽。三千余信徒也跟着他一起跳海，一起成为水仙登入仙堂。
而卢悚见吴郡和吴兴郡都去不了。只得调头南逃。十二月，卢悚残军三千余逃入吴郡桐庐，被宽阔的浙江所挡。看到前无去路，后有追兵，大弟子许龙突然发难，准备用师傅卢悚的人头去将功赎罪，谁知却被卢悚知道了，立即先动手反击。两票人马在浙江边上打得死去活来，等阎叔俭领军赶到时，卢悚残军没剩几个人了，只得束手就擒，而那位可怜的废帝海西公却死在乱军之中，只留得一具干瘦地遗骸。卢悚等七百人被押解到建康，与孙泰残余生还的家人亲信五百余人，尽数被斩首于东吴门前，至此，波及三吴的孙泰、卢悚五斗米叛乱终于告终。
但是北府并没有就此罢手，柳畋奉天子诏书，宣布孙泰、卢悚等三百九十一为妖人，其中原本在建康和三吴诸地呼风唤雨的妙音，于法开等僧侣也名列其中。所有还生还的“妖