通过这件事，林毅觉得自己对安全认识不够，把问题想的简单了，只注重了人的安全，忽略了物的安全。
在林毅心里认为目前还没有太重要的机密，现在想想，地图、钢弩样品、刻版的图纸不都是很重要的资料吗。以后，肯定还会有更多的创新。
太大意了，林毅自责。
加强保卫有必要，资料、样品领用、存放制度也要建立。
于是，林毅起草了科学院管理制度：
1、所有人员工作日每天必须按时上班，可以请假，请假等同为上班，但必须说明去处。
2、外出必须向值班人（研究人员轮流值班）员请假说明，必须两人以上同行；离开长安（公差或私事）必须经过院正同意。
3、不得进入妓院等娱乐场所。
4、各种个人研究记录、笔记等离开办公室时必须锁进柜子里。
5、试制的样品（零件成品）、图纸等，每天必须交回资料室，第二天再领。
6、各种试验用的材料按需从仓库领用，剩余部分及时交回仓库。
这个管理制度主题很明显，强调的是安全：人身和物的安全。比如，不得单独外出、请假须说明去向、不得去娱乐场所等。
做研究工作，没必要坐班，但必须知道人在何处。所以，规定了可以请假，视为上班。
娱乐场所是间谍最容易打主意的地方，也是人最容易失去理智的地方。美人计，历来都是最有效率的计策之一。需防患于未然。
除此，还制定了一份保密协议，每个人都要签字。签协议是一种承诺，更是一种责任，这个过程有必要。
关于帐房，林毅想了想，还是让户部派一个人管帐。户部，代表着朝廷，省得有人借机攻击自己贪墨。
目前到是不会，但林毅知道武则天为达到自己的政治目的，实行过酷吏政治，以排除异己。从资料上记载，那是一段非常恐怖的日子。
关于保卫问题，李世民已经让长孙无忌安排了，