中原人士移入当地，如许靖、袁沛、邓小孝、徐元贤、张子云、许慈、刘巴、刘熙、程秉、薛琮、袁忠、桓邵等。这对于汉人中原文化传入交州有很大的助益。这些交州的人才之后很多到三国各政权中位居高官。交州作为益州、荆州、扬州的南邻而被曹操、刘表、刘备、孙权等势力争夺。
赤壁之战后逐渐形成魏、蜀、吴三国鼎立的局面。
交州一直在吴国与蜀国的治理之下，汉献帝建安十五年，吴国的孙权任命步骘为交州刺史，率兵抵番禺。建安二十二年，步骘把交州州治从广信东迁番禺。
仅过一年，孙权趁刘备西征益州之际，派遣大将步骘为交州刺史。交州成了东吴的势力范围。士燮将儿子收至东吴为人质，并每年贡献当地宝物以维持其政权。孙权加封其为左将军。
七年后，刘备病死白帝城，士燮诱导益州豪姓雍闿反叛归附东吴。诸葛亮平叛继而占领南中之后派李恢领交州刺史，企图染指交州。
不久士燮去世，吴国将南岭以南诸郡以今天广西北海市合浦为界，以北广州，以南为交州。广州治番禺，交州治龙编(在今越南河内东)。辖今越南北部和两广的雷州半岛和钦州地区。
令吕岱、戴良分别为广州、交州刺史，士燮的儿子士徽为九真太守。士徽不服反叛，吕岱带兵攻入交州、九真，之后重新把广州和交州合并。
等蜀汉灭亡之后，次年(魏元帝咸熙元年)交州吕兴等造反，试图得到曹魏的支持，但被很快镇压。西晋继承曹魏之后，通过益州、南中派杨稷等领兵到交州，大破吴军。东吴大都督薛珝、苍梧太守陶磺等率兵击败西晋，重新掌握交州。
吴景帝永安七年)，东吴为便于治理，又把南海、苍梧、郁林、高梁四个郡(今两广大部)从交州划出，另设广州，州治番禺，广州由此得名。东吴时期，今广东省境除广州辖下的四郡外，还包括荆州始兴郡和海南岛。
经三国后，交州一直处于动乱之中，直到明成祖时，陈朝君主遭外戚胡氏篡夺，国内混乱