出现了耿参政、田司徒、郝参政等官称而不记其名。又据案牍编宰相年表，仅删去其官衔而不予考订，以致有姓无名。对于这类问题，王直并没有盲目的采用，而是听从了杨峥的建议，对需要推敲的地方，先是查阅资料，然后结合史书前后，细细推演，再者进行考证，这些问题都得到了极好的完善。
当然了，这些问题，并不是大问题，最让编修人头疼的莫过于，朱元璋在让人修《元史》时，列传照抄碑志家传之类，取舍不当之处甚多。改写纪年的干支，竟有误推一甲子六十年的情况，使史实完全错乱。史料中没有具体庙号的皇帝，改写时弄错的例子甚多，如将tai祖误为太宗，太宗误为tai祖，宪宗误为世祖，世祖误为宪宗等。
纂修人对前代和元朝蒙古族的制度也不熟悉，如宋朝各州另有军号、郡名，《地理志》述沿革，却写成某州已改为某军、某郡之类。又如蒙古各汗的斡耳朵，汗死“其帐不旷”，由后代后妃世守以享用其岁赐，《后妃表》编者竟据此名单列为某一皇帝的妻妾。如此等等，让他着实费了一番功夫，好在杨峥从中给了提醒，元朝当年的版图极大，大明永乐后，下西洋的壮举中，也带回了不少元朝的史料，虽说多为第二手、第三手的资料，但作为参考，查错补漏大有好处，其中的《地理志》述沿革，却写成某州已改为某军、某郡之类。
又如蒙古各汗的斡耳朵，汗死“其帐不旷”，由后代后妃世守以享用其岁赐，《后妃表》编者竟据此名单列为某一皇帝的妻妾都得到了很好的解决，可以说这本书，其史料除采自正史外，还旁搜《元朝秘史》、《皇元圣武亲征录》、《元典章》、《元文类》和元人文集。特别是第一次利用外国史料对《元史》西北舆地作了补充，其史学价值及在史学史上的地位即由此奠定。此外，该书对旧史中护短或相互歧异之处作了大量的补正。对《元史》的错讹、疏漏多有补正，因此这本书，比起明初要厚实的多。
整本书仍旧采用了正史纪传体例，有本纪十八卷；列传一百二十九卷；表