各有配殿十五间，东配殿供奉着历代的有功皇族神位，西配殿供奉异姓功臣神位。
大殿之后的中殿和后殿都是黄琉璃瓦庑殿顶的九间大殿，中殿称寝殿，后殿称祧庙。此外还有神厨、神库、宰牲亭、治牲房等建筑。太庙以古柏著称，树龄多高达数百年，千姿百态，苍劲古拙。甚是雄伟。
君臣跨过七座座单孔石桥，就到了金水河北为太庙主体建筑，有内围墙环绕。它的南门称戟门，以门外原列戟一百二十杆作为仪仗而得名。戟门的屋顶曲线平缓，出檐较多，戟门内在中轴线上布置的前殿、中殿、后殿三座大殿，前殿和中殿建在一个三层的土字形汉白玉石台基座上，前殿是皇帝祭祀时行礼的地方，为九间，黄琉璃瓦重檐庑殿顶。殿前有月台和宽广的庭院，东西两侧各建配殿十五间，分别配飨有功的皇族和功臣。朱瞻基在这里只是稍作了停留，便进入了中殿。这里供奉历代帝后神位，面阔九间，是黄琉璃瓦单檐庑殿顶。中殿东西两侧各建配殿五间，用以储存祭器。后殿供奉世代久远而从中殿迁出的帝后神位，面阔九间，黄琉璃瓦庑殿顶，形式和中殿基本相同。中殿和后殿之间有墙相融。在太庙总体设计中，以大面积林木包围主建筑群，并在较短的距离安排多重门、殿、桥、河来增加入口部分的深度感，以造成肃穆、深邃的气氛。大殿体积巨大，坐于三层台基之上，庭院广阔，周围用廊庑环绕，以取得雄伟气氛。此外，大殿内檐彩绘以香黄色为底色，配简单的旋子图案，加强了建筑物的庄重严肃气氛，朱瞻基独自进去后，先是念上了一段祭文：“孝玄孙嗣皇帝瞻基，敢昭告于列庙皇祖考妣太皇太后：节序流迈、时维孟秋。气序若流、时当孟夏。气序云迈、时维孟冬。谨以牲醴庶品、用荐时祫之礼。以申追慕之情。伏惟尚享。随后对着列祖列祖陈述汉王朱高煦的罪行，自己迫不得已御驾亲征。”
做好这一切，朱瞻基当即落实了北京的防备：命定国公徐景昌、彭城伯张昶专守皇城，安乡伯张安、广宁伯刘湍、忻城伯赵荣、建平伯高远分守京城各门。命