内务府，其具体职责是为内廷采办、储存、配置药品，药房人员并与御医分班侍值。侍值又分宫值和外值，宫值地点在皇帝寝宫旁的御药房，外值则在东华门内的太医值房。外值者为宫廷中的宫女、太监、嫫嫫等人诊病。御药房的御医是从太医院内医术精湛、品行端正的医士以上人员中选拔的，共十名。
御医在进宫之前需在太医院供职六年，有一定的理论基础与实践，并经过三或五年一试、二试、三试合格者，才有资格入选，否则宁缺不补。有时清宫御医也从各省督抚举荐的名医中挑选。御药房所需药材取自太医院生药库，尽管太医院也是为皇室成员服务的医疗机构，但御药房领药仍需按定例付给银两，或令与皇室有关的药商采买。
所购药材一般为生药，入宫后由御药房医生带领下属太监炮制备用。御药房的御医尽管直接为皇帝、皇后诊病保健，但地位并不高，在清代二百多年历史中，最优秀的御医级别也不过七品，至于那些承担宫值的被称为“御药房特简供奉”的医药顾问，待遇则更低，仅仅是“日给御膳，月给素蜡，冬给木炭”。孙太医之所以去这御药房并非当真为了治病，而是推卸责任，皇帝的病情如何，他最清楚不过了，如今这模样只怕是要去了，可贸然进去，万一救不活，少不了被人抓住把柄，骂成了庸医了，而来这御药房里抓点药，以此拖点时间，这样一来，就算皇帝当真大行了，与自己也毫无干系。
让太监抓了几幅药材，孙太医这才急急忙忙感到了钦安殿，一看皇帝模样，便是大行已到了，纵是华佗再生，孙思邈再世也救不活了，但眼下他半分不能说的，在皇宫行医了几十年，前代太医的例子，早已让他学会了如何躲避祸事，这会儿装模作样的拿了拿脉，然后对身旁的太监说些药方。
这些太监都是御药房的当值太监，按照规定皇帝的病情。诊脉时，先由值班的太医院院使或院判诊脉，接着再由值班御医诊脉，之后发表各自的诊脉意见，大家一起拟定一个处方，处方上将药帖连名封记，药方下要写明本方的药