机构设置重叠，人员杂乱。所以在陆天翔的倡议下，穿越大会对机构设置进行了调整，重新划分了职责。
调整完的机构设置如下：
工业局。局长夏天阳。军工科研组和冶铁厂、玻璃厂、肥皂厂等还没有划给私人的这些工厂隶属工业局。
矿业局。局长古云鲲。
农业局。局长梁城东。
商业局。局长孙天昊。
司法局。局长兼巡捕房总探长柳冠南。监狱隶属于司法局，监狱长吴振翰。
卫生局。局长兼榆林湾医院院长欧阳正平。
教育局。局长兼榆林湾学堂校长何云。
土地建设规划局。局长栾旭，由于穿越集团已经租下了榆林湾，而现在榆林湾的建设毫无章法，乱搭乱建的现象随处可见，所以穿越集团成立了土地建设规划局对榆林湾的建设进行整体规划。栾旭这个当初的狩猎组组长和后勤组组长在沉寂了一年多以后，重新干回了局长的位子。
对外协调处。也就是实际上的外交部，处长范秋明。
榆林湾银行。行长孙大雷，副行长程依依。榆林湾银行担负起了一部分财政部的职责。
造船厂。厂长邱鹏，总技师约翰。
兵工厂。厂长沈大兴。总技师张信、叶孙全。
妇联被依旧保留，妇联主任还是谭静。
崖州办事处主任汪建。
琼州办事处主任魏阳。
广州办事处主任刘军。
以上各个机构彼此将不再有隶属关系，而是全部直接对穿越大会负责。
穿越法庭**官依旧是史显扬。在史显扬的力争之下，穿越法庭将作为一个独立于穿越大会的司法机构存在，不对任何人负责，只忠诚于《东海珍珠号公约》。对于史显扬提出来的穿越法庭应该具有宪法法院的地位，可以否决穿越大会制定出来的违反《公约》的法律条款的提案，穿越大会最终以这将会影响到穿越大会作为最高权力机构的地位为理由否决掉了。
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