失去了设计师主宰的母体虚拟社会并没有因此而崩溃，除了一些在新智能程序和设计师的战斗死去的人之外，整个虚拟世界依然照常运转着，而那场灾难也成为了天灾，并没有人发现其奥妙，而现在掌控整个虚拟世界的则是一部不大的，但是功能却超出设计师好几条街的普通智脑，与此同时，整个虚拟世界也知道了原来大家其实都是生存在虚假世界的消息，虽然这间出现了许多自杀或者暴乱，但是在掌控一切的智脑面前也并不是什么大事，而原本生存在虚拟世界内的那些电脑人在失去了设计师的束缚之后也全都成为了真正自由的npc，并且由于他们的能力出众，还被智脑指派到了一些十分关键的部门，其总体来说他们除了不用再抓捕那些觉醒者之外，并没有太大的改变，依然是为了维持虚拟世界的安定而工作着。
在经过了所有人类的投票之后，所有选择了进入现实世界的人们都被申若愚给放了出来，他们将作为恢复地球环境建立生存基地的第一批人类而走出母体，而这间申若愚倒也没有什么都没做，他不但在世界各地建立了许多的小型基地，还准备了许多生存的必须品以及各种工具和科技之外，还将一部分表现比较出色，性格比较善良的人进行了基因改造，委任他们负责带领人类重新改造地球，最为关键的是他还设计出了许多可以重新连接到母体内部的虚拟连接设备，让这些人可以像玩游戏一般的随时再次进入虚拟世界。
这样一来更是促进了虚拟世界内的人们走出母体的勇气，而母体本身也真正的成为了人类的第二世界。甚至原本就存在的第二层母体申若愚也没有将之取消。而是通过科技手段将其改造成了世外桃源一般的仙境以及各种神话传说的桃花源。并在其设置了许多美丽如画的建筑和神殿，甚至为了增加其娱乐性，申若愚还在这间加入了许多原本他所在世界的各种网游创意，并按照人种的划分和地域的划分尽可能完整地还原了各种族最为出名的一些神话故事，比如希腊神族的圣斗士，华夏民族的仙侠化，欧洲的上帝，天使。恶魔，魔法