的审判。
在电影中，“锡安”是指那些从mat日x中被解放的人类所栖居的家园，位于地球深处，依靠地热作为能源，成为人类对抗mat日x和机器之城的最后基地。电影用这个名字来命名人类的最后家园，象征着这里是正义得到彰显的地方，是对抗机器的圣地。有影迷根据剧情推测：zion所在的世界其实是另一个母体。是超智能设计的让本身升级的另一套程序。更有人认为，“真实世界”中的zion所在的世界是用来蒙蔽那些觉醒者的一个更接近真实世界的一个更大范围的“母体”。因为曾经建筑师曾经建立过一个完全没有烦恼和忧愁和任何疾病苦难的黄金时代，最后这些人类却全部死亡，没有原因，最后建筑师得出结论就是人类必须要有困难和劫难，但是同时也必须要拥有希望，因此这个第二层虚拟世界也就应运而生，这个所谓的新世界——锡安所在的世界是用来取代影片中的母体的升级版本！
矩阵是一个建立在数学基础上的严整系统，一切都是有规律的，包括特工们和尼奥的超能力在内，都是包含在这个系统中的。而尼奥这个“救世主”的产生，则和数学中的哥德尔命题有关。奥地利数学家哥德尔在1931年发表了题为《论《数学原理》及有关系统的形式不可判定命题》的论文，其中提出这样一个观点，在任何数学系统中，只要其能包含整数的算术，这个系统的相容性就不可能通过几个基础学派所采用的逻辑原理建立。简单地说，就是在任何系统中，总有些真理是游离于逻辑之外的，这些真理就叫做歌德尔命题。
在矩阵中，尼奥就是在矩阵这个严整系统中不能被数学推得的歌德尔命题，不符合系统的规律。
当尼奥重生后，他就担负起系统所有的扰动，所有的规则在他面前都变得透明，因此他能够看到系统中别人所看不到的东西。先知叫尼奥回到源头去终止灾难，在数学逻辑中就是将歌德尔命题变成整个系统的一部分，当作系统的一个变量，从而消除整个系统的不确定性。如果尼奥当初选择了毁灭锡安的