林杨一下子传到了莫菲斯指挥的飞船当中，引得一队船员，包括莫菲斯本人都下了一跳。他们已经将尼奥的＂真身＂从废弃水池中捞了上来，正在治愈。林杨看到了尼奥赤裸着躺在床上，身上插满了各种管子。
与在现代城市不同，反抗队员的穿着十分简陋和朴素，以此可以用来分辨所谓的＂虚拟＂和＂现实＂！林杨依旧是酷酷的黑色风衣，戴着墨镜。
＂你是怎么来到这里的？＂莫菲斯诧异的问道，在他心中，虚拟世界的人其实都是计算机的代码，而这里现实世界。从科学物理的角度来讲，代码如果不存在犹如尼奥一般的肉身，怎么可能来的这里？而且还来得如此夸张。虽然先知预见到林杨是侵入者，很厉害。但是，莫菲斯一直认为，再厉害也是在虚拟世界中的。在现实中，人类只是血肉之躯，是没有办法和计算机生产的电子乌贼直接对抗的。
存在这个疑问的，不止是莫菲斯，每一个船员都是如此。他们用不可理解的眼光看着一身黑衣的林杨。
林杨没有直接回答莫菲斯的问话，当他可以用手表传送到这里的时候，他就清楚了，这一切都是虚拟的，不同的是，矩阵高明的将它们分开，矩阵越来越了解人的感情和思维，它清楚人是有信仰和精神的，它必须作出一个世界，让那些反抗者有一个精神的家园，有一个基地，这样的话，就可以让主体的虚拟社会，也可以说主程序更加的稳定。当反叛者实力增大的时候，再将其删除，所以说，锡安基地历史上已经被摧毁五次了。但此时，林杨不想告诉莫菲斯他们，也可能自己说了，他们也不会相信，他现在要做的就是，如何依靠锡安基地，打败矩阵，或者可以说，让其妥协，那个时候，可能就可以找到神器精华了。
林杨走到未醒的尼奥身旁，看了看他。他的皮肤苍白，身体虚弱，由于长期在胚胎中，他的肌肉快要萎靡了。
＂他的情况怎么样？＂林杨问道莫菲斯。
＂还好了。＂莫菲斯走过去瞧了瞧这些仪器针管，接着说道：＂现在还比