???在那之后在陈明遇带领下，江阴军民又多次打退小股清军的进攻。同时严查城中奸细，宣布有能检举、抓获奸细的人，赏银五十两（江南富庶）。
闰六月二十一，清贝勒、大将博洛命降将刘良佐统重兵包围江阴城，二十四日，刘良佐作招降书一纸，从东城外射进。江阴军民公议后，回书拒绝。
刘良佐见劝降无效，便四处捕杀城外义兵，企图断绝城内军民外援。七月初一日，开始攻城。城中严密防御，清兵箭如雨注，城上的人一手拿锅盖遮蔽，一手接箭，每天能得到箭三四十万，故有草船借箭，其中颇有杜撰成分，而江阴民众铁锅借箭千真万确。
江阴形势的日益严峻，陈明遇虽忠肝义胆，却自感缺乏军事组织才能，于是想起了前典吏阎应元智勇双全，如此推举阎应元引导江阴民众反抗蛮清。
陈明遇专门委派十六人连夜出城，到阎应元住请他出山，阎应元正义凛然的问道：“你们若能听从我的命令，我可以出山。若不听从号令，那请你们另请高明吧。”
众人纷纷表示同意，九日，阎应元带领江阴祝塘少年六百人执械入城，途经七里庙时，在墙壁上题诗，表达了自己誓死抗争的决心。
入城后，阎应元立即把全城的户口分别丁壮老幼详加调查，挑选年轻力壮的男子组成民兵，会合乡兵二十余万人，分班上城，每个城垛十名，按时换班。
由武举人王公略守东门，汪把总守南门，陈明遇守西门，阎应元自任守北门。
在这期间，阎应元和陈明遇兼负昼夜巡查四门的责任，对城中过往行人严加盘诘，肃清内奸。
为了解决军械粮饷供应，阎应元同绅民商议后，委任擅长理财人士负责把城内公私所藏物资分类征集，统一分配使用。
在阎应元的领导下，很快就做到了人尽其才，物尽其用，各方面的工作做得井井有条。
在其领导下，江阴民众先后多次大败蛮清，斩杀蛮清大将，迫使清朝主将刘良佐跪在江阴城下，苦苦哀求义