张振武和方维被害后，全国震动，纷纷来电质询袁世凯和黎元洪，由于孙中山和黄兴对袁世凯还抱有一絲幻想，所以表现出了容忍和退让的态度，致使袁世凯和黎元洪对革命党人更加有恃无恐地举起了屠刀。
1912年9月，革命党人顾斌、罗子达等人来到了湖北发动军队，以反对黎元洪的血腥统治，他们的鼓动，很快引起了驻扎在城外的南湖马队官兵的支持。不料，消息泄露，24日，黎元洪派宪警包围了城内准备起事的革命机关，捕获了顾斌、顾开文、罗子常、罗子达等10余人，连夜处决。
深夜1点钟，南湖马队中的革命党人知道城内机关被破坏的消息后，决定立即起义。1个标的起义官兵冲到了中和门时，遭到了预先埋伏的敌人前后夹击，激战3小时，义军阵亡200多人，余众溃散。第二日，黎元洪大肆屠杀南湖炮队的革命党人，死者在千人以上。
1913年3月，上海发生了震惊全国的宋教仁谋杀案。孙中山从这个事件中猛然醒悟过来，积极准备用武力讨伐袁世凯。孙中山、黄兴派人游说黎元洪，希望他至少保持中立。而这时的黎元洪却十分坚决地拥护袁世凯，以“破坏共和”的罪名讨伐孙中山和黄兴。
黎袁的进一步勾结，使湖北的革命党人更加明确地把反袁和反黎结合起来。他们组织改进团，推选季雨霖、蔡济民、詹大悲、吴醒汉负责，准备举行起义。6月25日，改进团举行了起义，但是很快被黎元洪派兵镇压了下去，季雨霖、詹大悲、蔡济民、吴醒汉等领导人逃往上海和湖南。
这一次军政府各界革命党、知名人士被屠杀了300多，军法处的监狱囚犯增加到了1000多人。同年9月，由孙中山发动的二次革命也已经失败。
虽然黎元洪为袁世凯立下了汗马功劳，但袁世凯对握有兵权的黎元洪仍然不放心。1913年11月，袁世凯派出了自己的心腹大将段祺瑞到汉口“劝驾”，胁迫黎元洪离开湖北到北京“做官”。
黎元洪实在不愿意去，他知道没